
2018年博士畢業于華中農業大學農業微生物國家重點實驗室,同年入選第三屆中國博士后創新人才支持計劃。2022年完成國家重點實驗室博士后工作,入職上海交通大學醫學院,擔任副研究員、課題組長(PI)。2025年3月加入中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院,擔任譜系技術與裝備研究中心基因組多維技術研究組組長(PI)、研究員。
1)主要研究方向:
腫瘤基因組學、三維基因組學、基因組結構變異與轉錄調控、單細胞基因多維組學技術開發。
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2)課題組簡介:
課題組近年來一直圍繞基因組學進行新技術開發、基礎研究、應用轉化工作,開發了一批具有自主知識產權的多維染色質構象及結構變異捕獲新方法,如針對單細胞的基因組異常與三維結構共檢測技術Uni-C(Nature Communications,2025,小修修回),專用于腫瘤及遺傳病基因組異常篩查的MGA-Seq(Genome Biology,2023),高通量單細胞三維結構捕獲技術sciDLO Hi-C(Nature Communications,2022),以及針對大量細胞高分辨率三維結構捕獲的DLO Hi-C(Nature Genetics,2018)。這些新方法大幅降低了研究成本,提高了解析精度,其中DLO Hi-C被Nature Genetics專文評述為“優雅巧妙的文庫構建策略”,并被Nature,Nature Genetics等經典期刊廣泛引用。
利用該系列技術,我們鑒定了腫瘤及遺傳性疾病中多種新型基因組結構變異并進行了新抗原預測,繪制了染色體外DNA(Extrachromosomal DNA,ecDNA)空間調控網絡,解析了免疫細胞發育及感染免疫過程中的染色質重塑與表觀修飾重編程,提出了染色質有序性的概念,并結合GWAS(Genome-Wide Association Studies)數據拓展了感染性疾病易感基因,挖掘了新的治療靶點和藥物。
1)?國家自然科學基金委員會,面上項目,32370685,基于腫瘤基因組三維結構特征開發群體及單細胞ecDNA檢測方法并探究其突變規律及調控機制,2024-01-01 至 2027-12-31,50萬元,在研,主持
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2)?國家自然科學基金委員會,青年科學基金項目,31900432,開發單細胞DLO Hi-C技術并解析衰老過程中海馬-內嗅皮層神經環路基因組三維構象動態變化,2020-01-01 至 2022-12-31,25萬元,結題,主持
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3)?人力資源和社會保障部、全國博士后管委會,博士后創新人才支持計劃,BX20180113,利用單細胞DLO Hi-C技術解析結核分枝桿菌潛伏感染后宿主基因組表觀修飾的變化及挖掘結核易感基因,2018-10 至 2020-09,60萬元,結題,主持
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4)?中國博士后科學基金會,面上項目(一等),2018M640710,結核分枝桿菌感染誘發宿主基因組表觀修飾變化的研究,2019-01 至 2020-12,8萬元,結題,主持
1)?Da Lin#*;Yanyan Zou#;Xinyu Li;Jinyue Wang;Qin Xiao;Xiaochen Gao;Fei Lin;Ningyuan Zhang;Ming Jiao;Yu Guo;Zhaowei Teng;Shiyi Li;Yongchang Wei;Fuling Zhou;Rong Yin;Siheng Zhang;Lingyu Xing;Weize Xu;Xiaofeng Wu;Bing Yang;Ke Xiao;Chengchao Wu;Yingfeng Tao;Xiaoqing Yang;Jing Zhang;Sheng Hu;Shuang Dong;Xiaoyu Li;Shengwei Ye;Zhidan Hong;Yihang Pan;Yuqin Yang;Haixiang Sun*;Gang Cao*;MGA-seq: robust identification of extrachromosomal DNA and genetic variants using multiple genetic abnormality sequencing,Genome Biology,2023,24(1)
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2)?Da Lin#;Weize Xu#;Ping Hong#;Chengchao Wu;Zhihui Zhang;Siheng Zhang;Lingyu Xing;Bing Yang;Wei Zhou;Qin Xiao;Jinyue Wang;Cong Wang;Yu He;Xi Chen;Xiaojian Cao;Jiangwei Man;Aikebaier Reheman;Xiaofeng Wu;Xingjie Hao;Zhe Hu;Chunli Chen;Zimeng Cao;Rong Yin;Zhen F. Fu;Rong Zhou;Zhaowei Teng;Guoliang Li*;Gang Cao*;Decoding the spatial chromatin organization and dynamic epigenetic landscapes of macrophage cells during differentiation and immune activation,Nature Communications,2022,13(1):5857
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3)?Da Lin#;Ping Hong#;Siheng Zhang;Weize Xu;Muhammad Jamal;Keji Yan;Yingying Lei;Liang Li;Yijun Ruan;Zhen F. Fu;Guoliang Li*;Gang Cao*;Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient and cost-effective method for chromosome conformation capture,Nature Genetics,2018,50(5):754-763?(亮點文章,Nature genetics同期評論文章專題報道)
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4)?Xiaochen Gao#;Xinyu Li#;Weize Xu;Ming Jiao;Yu Guo;Jiajia Wang;Weihao Wang;Jiling Feng;Qianqian Guo;Chengchao Wu;Taiyu Zhang;Yuqin Yang*;Da Lin*;Identification of multiple genomic alterations and prediction of neoantigens from circulating tumor cells at the single-cell level,Nature Communications,2025?(小修修回)
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5)?Zhihui Zhang#;Chengchao Wu;Khaista Rahman;Weize Xu;Guoliang Li*;Da Lin*;Gang Cao*;Robust capturing chromosome conformation using the DLO Hi-C 2.0 method,Journal of Genetics and Genomics,2020,47(10):655-658
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6)?Da Lin;Siheng Zhang;Zhihui Zhang;Weize Xu;Ping Hong;Guoliang Li;Gang Cao;The?“toolbox” for chromatin conformation capture,SCIENTIA SINICA Vitae,2020,50(5):497-505
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7)?Jun Min#;Da Lin#;Qingye Zhang;Jibing Zhang;Ziniu Yu;Structure-based virtual screening of novel inhibitors of the uridyltransferase activity of Xanthomonas oryzae pv. oryzae GlmU,European Journal of Medicinal Chemistry,2012,53: 150-158

